Основная цель деятельности исторического факультета – подготовка высококвалифицированных и конкурентоспособных профессионалов в области историй, археологий и этнологий, обладающих профессиональными аналитическими, административно-управленческими и экспертно-консультационными навыками, позволяющими работать в организациях, учреждениях государственного и негосударственного профиля.
Факультет осуществляет подготовку специалистов по следующим ОП магистратуры:
7М02208 – «Археология и этнология».
А также есть договор о двудипломной совместной магистерской программе Национального исследовательского Томского государственного университета и ЕНУ им. Л.Н. Гумилева по направлению подготовки «46.04.03 Антропология и этнология» (магистерская программа «Миграционные исследования»);